Öz
Giriş
Bu çalışmanın amacı, yayma pozitif veya negatif olan pulmoner ve ekstrapulmoner klinik örneklerde Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) tanısında Xpert MTB/RIF testinin performansının değerlendirilmesidir.
Gereç ve Yöntem
Ocak 2018-Aralık 2021 tarihleri arasında 1526 solunum yolu örneği ve 556 solunum yolu dışı toplam 2082 örnek incelenmiştir. Kültür için işlenmiş örneklerden, Löwenstein Jensen besiyerine ve Mycobacteria Growth Indicator Tube (MGIT) 960 otomatize sistemine yüklenen MGIT tüplerine, üreticilerin önerileri doğrultusunda ekim yapıldı. Tüm örneklerde Xpert MTB/RIF moleküler testi üretici firmanın önerileri doğrultusunda çalışılmıştır.
Bulgular
Tüm örneklerin 153’ünde (%7,3) kültürde M. tuberculosis üremiş ve 203’ünde (%9,7) Xpert MTB/RIF testi pozitif bulunmuştur. Akciğer örneklerindeki ARB, MTB/RIF testi ve kültür pozitifliği sırasıyla; 86 (%5,6), 175 (%11,4), 129 (%8,4) iken; akciğer-dışı örneklerde bu değerler; 7 (%1,2), 28 (%5), 24 (%4,3) olarak bulunmuştur. Mikobakteriyel kültür sonuçları referans alındığında; çalışmamızda Ehrlich-Ziehl-Neelsen boyama yönteminin tüm örneklerdeki duyarlılığı; %53,6, özgüllüğü; %99,4; akciğer örnekleri için bu değerler sırasıyla; %58,1 ve %99,2; akciğer dışı örnekleri için ise %29,2 ve %100 olarak bulunmuştur. İncelenen tüm örnekler için Xpert MTB/RIF testinin duyarlılığı; %89,5, özgüllüğü; %96,6, pozitif öngörü değeri; %67,5 ve negatif öngörü değeri; %99,1 olarak hesaplanmıştır.
Sonuç
Bu çalışmada kullanılan Xpert MTB/RIF testinin solunum yolu dışı örneklerdeki duyarlılık ve özgüllük oranları solunum yolu örneklerine göre biraz daha düşük bulunmuştur. Her iki örnek grubunda da yüksek duyarlılık ve özgüllük oranlarına sahip olduğu, çok hızlı ve düşük iş yükü gerektiren bir test olduğu görülmüştür.
Anahtar Kelimeler: Xpert MTB/RIF, Mycobacterium tuberculosis, hızlı tanı, Bactec MGIT 960
Kaynakça
World Health Organization. Global tuberculosis report 2021, World Health Organization, Geneva (Switzerland) 2021. Available from:https://www.who.int/publications/i/item/9789240037021
Zignol M, van Gemert W, Falzon D, Jaramillo E, Blanc L, Raviglione M. Modernizing surveillance of antituberculosis drug resistance: from special surveys to routine testing. Clin Infect Dis. 2011;52:901-6.
Mandell GL, Petri WA. Drugs used in the chemotherapy of tuberculosis,mycobacterium avium complex disease. In: Goodman & Gilman’s. The Pharmacological Basis of Therapeutics, McGrawHill.1996:1155-69.
Durmaz R.Mycobacterium tuberculosis’de direnç sorunu. ANKEM Derg. 2005;19:107-10.
Global tuberculosis report 2017. Geneva: World Health Organization; 2017. Licence: CC BY-NCSA 3.0 IGO. Available from:http://www.who.int/tb/publications/global_report/en/
Boehme CC, Nabeta P, Hillemann D, Nicol MP, Shenai S, Krapp F, Allen J, Tahirli R, Blakemore R, Rustomjee R, Milovic A, Jones M, O’Brien SM, Persing DH, Ruesch-Gerdes S, Gotuzzo E, Rodrigues C, Alland D, Perkins MD. Rapid molecular detection of tuberculosis and rifampin resistance. N Engl J Med. 2010;363:1005-15.
FDA permits marketing of first US test labeled for simultaneous detection of tuberculosis bacteria and resistance to the antibiotic rifampin. Clin Infect Dis. 2013;57:i.
Bunsow E, Ruiz-Serrano MJ, López Roa P, Kestler M, Viedma DG, Bouza E. Evaluation of GeneXpert MTB/RIF for the detection ofMycobacterium tuberculosis and resistance to rifampin in clinical specimens. J Infect. 2014;68:338-43.
Theron G, Peter J, Calligaro G, Meldau R, Hanrahan C, Khalfey H, Matinyenya B, Muchinga T, Smith L, Pandie S, Lenders L, Patel V, Mayosi BM, Dheda K. Determinants of PCR performance (Xpert MTB/RIF), including bacterial load and inhibition, for TB diagnosis using specimens from different body compartments. Sci Rep. 2014;4:5658.
Gürsoy NC, Yakupoğulları Y, Tekerekoğlu MS, Otlu B. Evaluation of the Diagnostic Performance of Xpert MTB/RIF Test for the Detection ofMycobacterium tuberculosis and Rifampin Resistance in Clinical Samples. Mikrobiyol Bul. 2016;50:196-204.
Ioannidis P, Papaventsis D, Karabela S, Nikolaou S, Panagi M, Raftopoulou E, Konstantinidou E, Marinou I, Kanavaki S. Cepheid GeneXpert MTB/RIF assay forMycobacterium tuberculosis detection and rifampin resistance identification in patients with substantial clinical indications of tuberculosis and smear-negative microscopy results. J Clin Microbiol. 2011;49:3068-70.
Celik C, Gözel MG, Bakici MZ, Berk S, Ozşahin SL, Gültürk E. Applicability of Xpert MTB/RIF assay for routine diagnosis of tuberculosis: a four-year single-center experience. Turk J Med Sci. 2015;45:1329-34.
Maynard-Smith L, Larke N, Peters JA, Lawn SD. Diagnostic accuracy of the Xpert MTB/RIF assay for extrapulmonary and pulmonary tuberculosis when testing non-respiratory samples: a systematic review. BMC Infect Dis. 2014;14:709.
Bojang AL, Mendy FS, Tientcheu LD, Otu J, Antonio M, Kampmann B, Agbla S, Sutherland JS. Comparison of TB-LAMP, GeneXpert MTB/RIF and culture for diagnosis of pulmonary tuberculosis in The Gambia. J Infect. 2016;72:332-7.
Çavuşoğlu C, Soylu M. Klinik örneklerden tüberküloz tanısı ve hızlı rifampisin direnci saptanmasında GeneXpert MTB/RIF testinin performansının değerlendirilmesi. Türk Mikrobiyol Cem Derg. 2014;44:61-4.
Marlowe EM, Novak-Weekley SM, Cumpio J, Sharp SE, Momeny MA, Babst A, Carlson JS, Kawamura M, Pandori M. Evaluation of the Cepheid Xpert MTB/RIF assay for direct detection ofMycobacterium tuberculosis complex in respiratory specimens. J Clin Microbiol. 2011;49:1621-3.
Matabane MM, Ismail F, Strydom KA, Onwuegbuna O, Omar SV, Ismail N. Performance evaluation of three commercial molecular assays for the detection ofMycobacterium tuberculosis from clinical specimens in a high TB-HIV-burden setting. BMC Infect Dis. 2015;15:508.
Singh UB, Pandey P, Mehta G, Bhatnagar AK, Mohan A, Goyal V, Ahuja V, Ramachandran R, Sachdeva KS, Samantaray JC. Genotypic, Phenotypic and Clinical Validation of GeneXpert in Extra-Pulmonary and Pulmonary Tuberculosis in India. PLoS One. 2016;11:e0149258.
Khalil KF, Butt T. Diagnostic yield of Bronchoalveolar Lavage gene Xpert in smear-negative and sputum-scarce pulmonary tuberculosis. J Coll Physicians Surg Pak. 2015;25:115-8.
Chang K, Lu W, Wang J, Zhang K, Jia S, Li F, Deng S, Chen M. Rapid and effective diagnosis of tuberculosis and rifampicin resistance with Xpert MTB/RIF assay: a meta-analysis. J Infect. 2012;64:580-8.
Chakravorty S, Simmons AM, Rowneki M, Parmar H, Cao Y, Ryan J, Banada PP, Deshpande S, Shenai S, Gall A, Glass J, Krieswirth B, Schumacher SG, Nabeta P, Tukvadze N, Rodrigues C, Skrahina A, Tagliani E, Cirillo DM, Davidow A, Denkinger CM, Persing D, Kwiatkowski R, Jones M, Alland D. The New Xpert MTB/RIF Ultra: Improving Detection ofMycobacterium tuberculosis and Resistance to Rifampin in an Assay Suitable for Point-of-Care Testing. mBio. 2017;8:e00812-7.
Hillemann D, Rüsch-Gerdes S, Boehme C, Richter E. Rapid molecular detection of extrapulmonary tuberculosis by the automated GeneXpert MTB/RIF system. J Clin Microbiol. 2011;49:1202-5.
Tortoli E, Russo C, Piersimoni C, Mazzola E, Dal Monte P, Pascarella M, Borroni E, Mondo A, Piana F, Scarparo C, Coltella L, Lombardi G, Cirillo DM. Clinical validation of Xpert MTB/RIF for the diagnosis of extrapulmonary tuberculosis. Eur Respir J. 2012;40:442-7.
Kwak N, Choi SM, Lee J, Park YS, Lee CH, Lee SM, Yoo CG, Kim YW, Han SK, Yim JJ. Diagnostic accuracy and turnaround time of the Xpert MTB/RIF assay in routine clinical practice. PLoS One. 2013;8:e77456.
