Öz
Giriş
Rotavirüsler dünya çapında bebeklerde ve küçük çocuklarda şiddetli ishalin önde gelen nedenidir. Bugüne kadar A grubunda 32 farklı G ve 47 farklı P genotipi tanımlanmıştır. Koronavirüs hastalığı-2019 (COVID-19) salgınının ardından, ülkemiz, COVID-19 ile ilişkili akut gastroenterit de dahil olmak üzere bulaşıcı hastalıkların görülme sıklığını etkili bir şekilde azaltan çeşitli önlemler uyguladı. Bu çalışmada COVID-19 pandemi önlemlerinin rotavirüs genotip dağılımında değişikliğe neden olup olmadığının araştırılması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem
Rotavirüs antijeni pozitif olan 64’ü pandemi öncesi ve 64’ü pandemi döneminde olmak üzere toplam 128 gayta örneği genotiplendirme için ileri çalışmaya alındı. Pandemi öncesi dönemde örneklerin 50’sinde (%78) revers transkripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu ile rotavirüs RNA’sı tespit edilirken, pandemi döneminde örneklerin 51’inde (%80) rotavirüs RNA tespit edildi.
Bulgular
Pandemi öncesi dönemde çalıştığımız hastalarda şu sonuçlara ulaşılmıştır: 24’ünde (%48) G9P[8], 14’ünde (%28) G1P[8], beşinde (%10) G2P[8], üçünde (%6) G2P[4], ikisinde (%4) G3P[8], birinde (%2) G4P[8] ve birinde (%2) G9P[4]. Pandemi döneminde çalıştığımız hastalarda şu sonuçlara ulaşılmıştır: 28’inde (%54) G9P[8], 12’sinde (%24) G1P[8], altısında (%12) G2P[8], ikisinde (%4) G2P[4], birinde (%2) G3P[8], birinde (%2) G4P[8] ve birinde (%2) G9P[4].
Sonuç
Çalışmamızda G9P[8]’nin her iki dönemde de baskın genotip olduğu bulundu. Pandemi öncesi ve pandemi dönemi arasında rotavirüs genotipleri arasında fark olmadığı bulundu.
Anahtar Kelimeler: COVID-19 pandemisi, rotavirüs, genotip
Kaynakça
Tate JE, Burton AH, Boschi-Pinto C, Steele AD, Duque J, Parashar UD. 2008 estimate of worldwide rotavirus-associated mortality in children younger than 5 years before the introduction of universal rotavirus vaccination programmes: a systematic review and meta-analysis. Lancet Infect Dis. 2012;12:136-41.
Cunliffe N, Kilgore PE, Bresee JS, Steele AD, Luo N, Hart CA, Glass RL. Epidemiology of rotavirus diarrhoea in Africa: a review to assess the need for rotavirus immunization. Bull World Health Organ. 1998;76:525-37.
Bulut Y, Yenişehirli G, Durmaz R. Molecular epidemiology of rotavirus strains in under five children. Indian J Pediatr. 2018;85:364-8.
Crawford SE, Ramani S, Tate JE, Parashar UD, Svensson L, Hagbom M, Franco MA, Greenberg HB, O’Ryan M, Kang G, Desselberg U, Estes MK. Rotavirus infection. Nat Rev Dis Primer. 2017.
Li W, Zhu Y, Lou J, Chen J, Xie X, Mao J. Rotavirus and adenovirus infections in children during COVID-19 outbreak in Hangzhou, China. Transl Pediatr. 2021;10:2281-6.
Hoque SA, Kotaki T, Pham NTK, Onda Y, Okitsu S, Sato S, Yuki Y, Kobayashi T, Maneekarn N, Kiyono H, Hayakawa S, Ushijima H. Genotype diversity of enteric viruses in wastewater amid the COVID-19 pandemic. Food Environ Virol. 2023;15:176-91.
Alıcı A, Çam S. How have the COVID-19 pandemic precautions affected the frequency of rotavirus and enteric adenovirus in pediatric patients? Mediterr J Infect Microb Antimicrob. 2022;11:39.
Durmaz R, Kalaycioglu AT, Acar S, Bakkaloglu Z, Karagoz A, Korukluoglu G, Ertek M, Torunoglu MA. Prevalence of rotavirus genotypes in children younger than 5 years of age before the introduction of a universal rotavirus vaccination program: report of rotavirus surveillance in Turkey. PloS One. 2014;9:113674.
Donato CM, Bines JE. Rotaviruses and rotavirus vaccines. Pathogens. 2021;10:959.
Bonura F, Mangiaracina L, Filizzolo C, Bonura C, Martella V, Ciarlet M, Giammanco GM, De Grazia S. Impact of vaccination on rotavirus genotype diversity: a nearly two-decade-long epidemiological study before and after rotavirus vaccine introduction in Sicily, Italy. Pathogens. 2022;11:424.
Hungerford D, Allen DJ, Nawaz S, Collins S, Ladhani S, Vivancos R, Iturriza-Gómara M. Impact of rotavirus vaccination on rotavirus genotype distribution and diversity in England, September 2006 to August 2016. Euro Surveill. 2019;24:1700774.
Artiran S, Atalay A, Gökahmetoglu S, Ozturk MA, Balci N, Cakir N, Kilic H, Durmaz R. Investigation of rotavirus with various methods in children with acute gastroenteritis and determination of its molecular epidemiology in Kayseri Province, Turkey. J Clin Lab Anal. 2017;31:22030.
Bozdayi G, Altay A, Yahiro T, Ahmed S, Meral M, Dogan B, Dinc B, Yeniaras A, Bilge YD, Ahmed K. Re-emergence of genotype G9 during a five-and-a-half-year period in Turkish children with rotavirus diarrhea. Arc Virol. 2016;161:2879-84.
Durmaz R, Bakkaloglu Z, Unaldi O, Karagoz A, Korukluoglu G, Kalaycioglu AT, Acar S, Kilic S. Prevalence and diversity of rotavirus A genotypes cirulating in Turkey during a 2‐year sentinel surveillance period, 2014‐2016. Journal of medical virology. 2018;90:229-38.
Tapisiz A, Bedir Demirdag T, Cura Yayla BC, Gunes C, Ugraş Dikmen A, Tezer H, Baran Aksakal N, Bozdayi G, Ozkan S. Rotavirus infections in children in Turkey: a systematic review. Rev Med V. 2019;29:2020.
Gündeşlioğlu ÖÖ, Kocabaş E, Haytoğlu Z, Dayar GT, Çil MK, Durmaz R. Adana ilinde akut gastroenteritli çocuklarda rotavirüs prevalansı ve genotip dağılımı. Mikrobiyol Bul. 2018;52:156-65.
Caneriği FH, Şafak B. Determination and genotype distribution of rotavirus gastroenteritis in pediatric patients admitted to a tertiary care hospital. Mikrobiyol Bul. 2022;56:302-14.
BBC NEWS T. Koronavirüs: Adım adım Türkiye’nin Covid-19’la Mücadelesi. 08 Temmuz 2020. Erişim adresi: https://www.bbc.com/turkce/haberlerturkiye-52899914
Chan MCW. Return of norovirus and rotavirus activity in Winter 2020-21 in City with strict COVID-19 control strategy, China. Emerg Infect Dis. 2022;28:713-6.
Roczo-Farkas S, Thomas S, Donato CM, Bogdanovic-Sakran N, Bines JE. Australian rotavirus surveillance program: annual report, 2020. Commun Dis Intell (2018). 2021;45.
Hungerford D. EuroRotaNet Annual Report 2021. Available from: https://www.eurorotanet.com/wp-content/uploads/2023/03/EuroRotaNet_report-2021_20220303_Final-v1.0.pdf
Duman Y, Yakupoğulları Y, Gündüz A. The effects of COVID-19 infection control measures on the frequency of rotavirus and enteric adenovirus in children. Cocuk Enfeksiyon Dergisi. 2022;16:151-5.
Roczo-Farkas S, Thomas S, Bogdanovic-Sakran N, Donato CM, Lyons EA, Bines J; Australian Rotavirus Surveillance Group. Australian Rotavirus Surveillance Program: Annual Report, 2021. Commun Dis Intell (2018). 2022:46.
